Dünya değişti. Dünya liderlerinin uzaylı güçlere koşulsuz teslim olmayı teklif etmesinin üzerinden yirmi yıl geçti. Gezegenin son savunma hattı olan XCOM'un büyük bir kısmı yok edilmiş ve dağılmıştı. Şimdi XCOM 2'de uzaylılar Dünya'yı yönetiyor, yüzeyde insanlık için parlak bir gelecek vaat eden parlak şehirler inşa ediyor, bir yandan da kötü niyetli bir gündemi gizliyor ve yeni düzenlerine karşı çıkan herkesi ortadan kaldırıyor. Yalnızca dünyanın uçlarında yaşayanların bir özgürlük payı vard...